El CDC, fue creado el 6 de diciembre de 1989, fecha en que se firmó el convenio entre la Universidad de San Carlos de Guatemala y The Nature Conservancy (TNC). Dicho convenio fue aprobado por el Consejo Superior Universitario -CSU-, según consta en el punto Décimo tercero del Acta No. 72-89 el 17 de noviembre de 1989. Su creación obedeció a la necesidad de contar con una unidad especializada en el tema de diversidad biológica para el acopio, organización, sistematización y accesibilidad de la información existente producida en el país por diversas instituciones, la cual estaba dispersa, con el fin de planificación, investigación y toma de decisiones. Es una unidad de investigación acreditada por el Instituto de Investigaciones Químicas y Biológicas, según consta en el punto Décimo del Acta No.22-2003 de la sesión celebrada por la Junta Directiva de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia de la USAC, el 17 de julio del 2003 especializada en la generación y manejo de información reconocida por el Instituto de Investigaciones Químicas y Biológicas (IIQB), de la Fac. de CCQQ y Farmacia.
Base legal de la creación del Centro de Datos para la Conservación